ก็อดซิลล่า รีเซอร์เจนซ์ เกิดอุบัติเหตุขึ้นในอุโมงค์ใต้น้ำเส้นทางผ่านอ่าวโตเกียวโดยไม่รู้สาเหตุ ส่งผลให้เกิดการรวมตัวกันของหลากหลายหน่วยงานของภาครัฐบาลญี่ปุ่นเกิดมติประชุมฉุกเฉิน เพื่อรับมือกับสถานการณ์ร้ายแรงที่เกิดขึ้น เมื่อพบว่า มันคืออสูรกายที่มีขนาดยักษ์ที่มีความสูงถึง 118.5 เมตร ได้ปรากฏตัวสร้างความโกลาหลวุ่นวาย จนเกิดความเสียหายไปทั่วจากการบุกขึ้นฝั่ง แล้วเข้าทำลายบ้านเมืองอย่างย่อยยับจากนอกเมืองไล่เข้าสู่ใจกลางเมืองหลวง กล่าวได้ว่า นี่คือมหันตภัยครั้งร้ายแรงที่นำมาซึ่งความสูญเสียครั้งยิ่งใหญ่ที่สุดแก่ผู้คนและประเทศญี่ปุ่นเกินกว่าที่ใครจะคาดเดา การลุกขึ้นต่อสู้ และรับมือกับอภิมหาสัตว์ประหลาดที่ไม่มีใครเคยเอาชนะได้จากรัฐบาลญี่ปุ่น เพื่อปกป้องประเทศให้รอดพ้นจากหายนะครั้งยิ่งใหญ่จากสิ่งมีชีวิตปริศนาขนาดมหึมาที่ถูกขนานนามว่า “ก็อดซิลล่า”