สิบปีหลังจากเปิดโปงโครงการแบล็กไบรอาร์ เจสัน บอร์นฟื้นจากอาการความจำเสื่อมและยังคงใช้ชีวิตอย่างหลบซ่อน ที่ไอซ์แลนด์ อดีตเจ้าหน้าที่ CIA นิคกี พาร์สันส์ร่วมมือกับคริสเตียน ดาสซอลต์เจาะเข้าไปในระบบของ CIA และพบข้อมูลบางอย่างที่เกี่ยวข้องกับบอร์น นิคกีนัดพบบอร์นที่กรีซ การเจาะระบบของนิคกีส่งสัญญาณเตือนไปถึงหัวหน้าฝ่ายไซเบอร์ของ CIA เฮเทอร์ ลีและผู้อำนวยการ CIA โรเบิร์ต ดิวอี
ที่กรีซ นิคกีพบกับบอร์นที่จัตุรัสซินแทกมาที่กำลังมีการประท้วง เฮเทอร์ใช้ดาวเทียมติดตามทั้งคู่ ส่วนดิวอีสั่งให้แอสเส็ตมาทำงานนี้ แอสเส็ตเป็นมือสังหารในโครงการแบล็กไบรอาร์ที่เจ็บแค้นเพราะถูกบอร์นเปิดโปงโครงการ หลังการไล่ล่าบนท้องถนน แอสเส็ตยิงนิคกีเสียชีวิต ด้านบอร์นใช้กุญแจตู้นิรภัยที่นิคกีให้ไว้ก่อนเสียชีวิตสืบหาอดีตของตนเองและครอบครัวต่อไป โดยเดินทางไปพบดาสซอลต์ที่เบอร์ลินเพื่อให้ถอดรหัสข้อมูล แล้วพบว่าริชาร์ด เว็บบ์ พ่อของตนซึ่งเป็นนักวิเคราะห์ของ CIA มีส่วนเกี่ยวข้องกับโครงการเทรดสโตน การถอดรหัสทำให้ฝ่าย CIA รู้ที่อยู่ของบอร์น บอร์นสู้กับดาสซอลต์ก่อนจะหนีต่อไปยังลอนดอนเพื่อพบกับมัลคอล์ม สมิธ อดีตเจ้าหน้าที่ CIA ซึ่งเคยทำงานในโครงการเทรดสโตน ด้านเฮเทอร์อาสาเข้าไปเกลี้ยกล่อมบอร์นเพื่อให้กลับเข้าโครงการ แต่ดิวอีลอบออกคำสั่งให้แอสเส็ตตามไปจัดการบอร์นและสมิธ
ที่ลอนดอน บอร์นให้สมิธมาพบที่จัตุรัสแพดดิงตัน โดยทำให้สัญญาณเตือนไฟไหม้ดังขึ้นเพื่อก่อให้เกิดความวุ่นวายและพาตัวสมิธออกไป โดยมีเฮเทอร์และแอสเส็ตตามมา บอร์นคาดคั้นจนสมิธยอมบอกว่าริชาร์ดเป็นผู้สร้างโครงการเทรดสโตนและบอร์นถูกเลือกให้เข้าร่วมโครงการ แต่ริชาร์ดไม่ยอมและขู่ว่าจะเปิดโปงโครงการนี้จึงถูกฆ่า โดยให้บอร์นเข้าใจว่าพ่อตนเองถูกผู้ก่อการร้ายฆ่าเพื่อให้เขายอมเข้าร่วมโครงการแต่โดยดี แอสเส็ตตามมาทันและยิงสมิธ ส่วนบอร์นจำได้ว่าคนที่ฆ่าพ่อของตนคือแอสเส็ต บอร์นหลบหนีและไปพบเฮเทอร์ โดยเธอบอกบอร์นว่าดิวอีจะไปร่วมการประชุมในลาสเวกัส
ที่ลาสเวกัส ดิวอีพบกับแอรอน คาลัวร์ ผู้ก่อตั้งบริษัทสื่อสังคม ดีปดรีม ดิวอีและคาลัวร์ร่วมมือกันอย่างลับ ๆ ในโครงการ “ไอเอิร์นแฮนด์” ซึ่งให้สิทธิ์ CIA เข้าถึงข้อมูลของผู้ใช้ทุกคน แต่ต่อมาคาลัวร์อยากถอนตัวและขู่จะเปิดโปงโครงการนี้ ดิวอีจึงวางแผนให้แอสเส็ตฆ่าแอรอนและเฮเทอร์ ซึ่งแอบช่วยบอร์นให้มาที่ลาสเวกัส บอร์นเข้าขัดขวางเมื่อแอสเส็ตพยายามจะยิงแอรอนและเผชิญหน้ากับดิวอีที่ห้องพัก ก่อนที่บอร์นจะฆ่าดิวอี บอร์นถูกเจฟเฟอส์ เจ้าหน้าที่ CIA ที่ตามมายิง ดิวอีพยายามจะฆ่าบอร์นแต่ถูกเฮเทอร์ยิงเสียชีวิต จากนั้นบอร์นไล่ตามแอสเส็ตไป หลังการขับรถไล่ล่าบนท้องถนนและการต่อสู้ตัวต่อตัว แอสเส็ตก็ถูกบอร์นฆ่าตาย
ที่วอชิงตัน เฮเทอร์หารือกับรัสเซล ผู้อำนวยการสำนักงานหน่วยข่าวกรองแห่งชาติสหรัฐ เธอบอกว่าจะอาสาเข้าไปเกลี้ยกล่อมบอร์นอีกครั้ง แต่หากไม่สำเร็จเธอจะกำจัดบอร์น เฮเทอร์ไปพบกับบอร์นโดยเธอขอให้บอร์นกลับเข้าโครงการ ด้านบอร์นบอกขอเวลาคิดและเดินจากไป เมื่อเฮเทอร์กลับมาที่รถ เธอพบกล้องวิดีโอที่บันทึกบทสนทนาระหว่างเธอกับรัสเซล เฮเทอร์จึงตระหนักว่าบอร์นรู้ทันแผนการของเธอ ภาพยนตร์จบลงเมื่อบอร์นเดินไปตามสวนสาธารณะในวอชิงตัน